El presidente de la JFA, Kuniya Daini, realizó el anuncio de su destitución en una rueda de prensa celebrada hoy en Tokio.
Aguirre sustituyó al italiano Alberto Zaccheroni al frente de los «Samurai blue» después del Mundial que se disputó en Brasil en verano de 2014.
«Lamentamos que esto tenga que acabar así. Pero tenemos que dar prioridad al equipo», señaló el presidente de la JFA.
Aguirre es uno de los 42 querellados por el supuesto amaño del Levante-Zaragoza disputado el 21 de junio de 2011, que tendrán que comparecer ante en el Juzgado de Instrucción número 8 de Valencia a partir del próximo 25 de febrero.
El técnico mexicano entrenaba al Zaragoza cuando se produjo el presunto amaño.
La Fiscalía asegura que el exequipo de Aguirre dio dinero a los jugadores del Levante por dejarse ganar y evitar así el descenso a Segunda División.
El Zaragoza se impuso en el partido por 1 a 2 y logró mantener la categoría.
Además, el técnico ha sido cesado después de que la selección nipona cayera eliminada en cuartos de final de la Copa de Asia ante los Emiratos Árabes Unidos, lo que supone la peor actuación de Japón en esta competición continental en casi dos décadas.